玻璃基片和坯体在进行玻璃表面处理前，还应进行表面的清洁处理。因为基片或坯体的清洁程度对玻璃表面处理的产品质量有很大的影响。因此清洁处理对于后续的玻璃表面处理工艺是非常重要的。
清洁玻璃表面的方法很多，主要根据玻璃表面原有的污染程度、满足后续的玻璃表面处理工艺以及最终产品使用的目的要求，可采用其中一种清洁方法，也可将几种方法结合起来采用。
玻璃表面清洁有原子级清洁表面和工艺技术上的清洁表面两种类型。原子级清洁表面需在超真空条件下进行，是特殊科学用途所要求的。一般只需要工艺技术上的清洁表面，以满足对产品加工的要求。常用的清洁处理方法有以下几种。
用溶剂清洗
常用的溶剂有水溶液（酸或碱溶液、洗涤剂水溶液等）；无水溶剂（乙醇、丙酮、乳化液等）。通常根据玻璃表面污染物的性质来选择溶剂的种类。
（1）擦洗和浸洗
最简单的擦洗方法是用脱脂棉、镜头纸、橡皮辊或刷子，蘸水、酒精、去污粉、白垩等擦拭玻璃表面。擦洗时要防止将玻璃磨伤，同时要将表面残余的去污粉、白垩用纯水和乙醇清洗掉。
另一种常用的方法是将玻璃放在装有溶剂的容器中，进行浸泡清洗。浸泡一定时间后，用镊子或其他特制夹具，将清洗过的玻璃取出，用纯棉布擦干，此法所需设备简单，操作方便，成本也较低。
用于清洗的有机溶剂有乙醇、丙酮、四氯化碳、三氯乙烯、异内醇、甲苯等。
除了利用溶剂溶解污染物以外，还可利用溶剂和玻璃表面的化学反应，以清洗表面，如采用酸洗和碱洗。
实验室常用的洗液为K2Cr2O7和H2SO4的混合液，能氧化玻璃表面的油污，使油污从玻璃表面上除去。铬离子容易吸附在玻璃表面，除去比较困难，如要防止铬离子吸附，可改用硫酸和硝酸的混合液来清洗玻璃表面。除氢氟酸以外，混合酸加热至60、85℃时效果较好。
如玻璃表面风化，已形成高硅层，此时需在清洗液中加人一定比例的氢氟酸，例如使用硝酸和氢氟酸的混合液，可消除风化层。